نجفقلی حبیبی درباره ریشه اختلاف شهید مطهری و شریعتی گفت: در تحلیل‌هایی که شریعتی از اسلام می‌کرد و تحلیل‌هایی که آقای مطهری داشت، قدری متفاوت بود. او یک سبک روشنفکری بیان می‌کرد و شاید بیان او اینچنین بود و آقای مطهری حساس بود که اینها چطور مطرح می‌شود و فردا چه اتفاقی رخ می‌دهد. البته آقای مطهری خودش را حفظ می‌کرد و نمی‌خواست در بیرون مشکلی ایجاد شود.