قطع حقابه حوض مره، خسارات جبران‌ناپذیری را به تالاب حوض سلطان و دریاچه نمک وارد می‌کند که پیامد آن، افزایش مشکلات زیست محیطی است که بخش زیادی از جمعیت کشور را در برخواهد گرفت.در حالی قرار است با ایجاد کانالی بخشی از آب این رودخانه به عنوان پخش سیلاب منتقل شود که در زمان احداث بزرگراه قم – گرمسار برای پخش سیلاب‌های احتمالی زیرگذری در حدود 70 کیلومتری قم در این بزرگراه ایجاد شده است.