گذر اقانجفی هم همانند بسیارری دیگر از بافت های تاریخی اصفهان بخاطر توسعه شهری آسیب جدی دیده و اعتراض بسیاری از فعالان حوزه میراث فرهنگی و مدیران کشوری در پی داشته است. اما با وجود این‌که دستور توقف پروژه آقا نجفی تا تعیین تکلیف آن در شورای عالی معماری و شهرسازی هفته گذشته شهرداری منطقه 3 اصفهان دوباره برای ساکنان به‌منظور آزادسازی پلاک‌های موجود در منطقه دعوت‌نامه کمیسیون معوض ارسال کرده است.