امام‌زاده جعفر(ع) در وسط شهر تاریخی دامغان بیش از یکسال است که در حریم خود با گودبرداری عمیقی روبه رو است که در طرح ابتدایی آن هیچ گونه گودبرداری پیش بینی نشده است اما هنگام اجرا هیأت امنا امام‌زاده و اداره اوقاف طرحی را پیش برده‌اند که مورد تأیید سازمان میراث فرهنگی نیست، طرحی که اکنون از امام جمعه تا فرماندار و استاندار و شهردار و میراث فرهنگی خواستار توقف آن هستند اما ساخت و سازها همچنان ادامه ‌دارد.