در طول یک سال گذشته نام عیسی کلانتری، رئیس سازمان حفاظت محیط‌زیست و معاونانش در چندین پرونده قضایی به چشم می‌خورد، پرونده‌های که با شکایت فعالان محیط‌زیست تشکیل شده است. از اتهاماتی که در این پرونده‌ها با استناد به آن علیه عیسی کلانتری اعلام جرم شده، می‌توان به عدم اجرای قوانین مملکتی، اعمال و تعدیات ماموران دولتی نسبت به وظایف ذاتی اشاره کرد.