یکی از نگرانی‌ها و چالش‌های مهم در زمینه گردشگری پزشکی هدایت صحیح و درست بیماران خارجی به مراکز درمانی ایران است این که گردشگران پزشکی از لحظه ورود به کشور گرفتار دلال بازی‌ها نشوند، مداخلات غیر پزشکی از سوی پزشک‌نماها برای متقاضیان جراحی‌های زیبایی صورت نگیرد و در نهایت گردشگر پزشکی با دریافت خدمات درمانی استاندارد در مراکز درمانی معتبر بتواند زمینه تبلیغ خدمات پزشکی ایران را فراهم کند.

توسعه گردشگری سلامت درحالی تبدیل به یکی از بازارهای هدف گردشگری ایران شده که درحال حاضر فقط ۱۶۰ بیمارستان دارای IPD در کشور فعال هستند. ضمن آنکه رقبای ایران گوی گردشگری سلامت را ربوده‌اند.