با رئیس‌جمهور‌ شدن بنی‌صدر، ارتباط او با مسعود رجوی و شماری از اعضای سازمان منافقین نیز گسترده‌تر شد و بنی‌صدر عملا به پلی تبدیل شد برای نفوذ اعضای این سازمان به بدنه دولت و نهاد‌ها تا حدی که عناصر منافقین در نهایت توانستند دفتر رئیس‌جمهور را در آن دوران در اختیار خود بگیرند.

سازمان مجاهدین خلق در سال ۶۱ و در واکنش به ضرباتی که از اطلاعات سپاه دریافت کرده بود، اقدام به طراحی "عملیات مهندسی" برای شناسایی شبکه اطلاعاتی ایران کرد، اما در اولین گام با شکست سنگینی روبرو شد.