نظر مرحوم امام خمینی (ره) همیشه این بود که حوزه‌ها باید استقلال خود را تحت هر شرایطی حفظ کنند، حال سوال اساسی اینجاست که چرا یک نهادی در درون حوزه قصد آن کرده که این استقلال را خدشه‌دار کند؟ حقیقت آن است که از پاسخ این پرسش بی‌اطلاعیم.