یکی از مباحثی که همواره میان شیعه و سنی در ایران مساله‌ساز بوده موضوع مساجد هستند. در صدر اسلام مساجد محلی برای گفت‌وگو و معاشرت میان مسلمان‌ها بوده و کارکرد آن با شکلی که امروز مساجد به خود گرفتند متفاوت بوده است و این تفاوت تا آنجا پیش رفته که امروزه مساجد به علتی برای اختلاف میان شیعه و سنی تبدیل شده است. در این میان بعضی‌ معتقدند که «مسجد که شیعه و سنی ندارد، می‎توانند در کنار یکدیگر نماز بخوانند و در عین حال هویت مستقل خود را حفظ کنند» و بعضی نیز نظری مخالف این امر دارند. در میان مراجع شیعه هم به طور کلی استفاده‌ی مشترک از مسجد برای شیعه و سنی با شروطی جایز است.