موزه حرم مطهر امام حسین(ع) در طبقه دوم حرم مطهر سید الشهداء واقع شده و در قسمت فوقانی «باب (دروازه) القبله» قرار دارد و آثار تاریخی و اسلامی متعددی را در خود نهفته دارد که تاریخ آنها به قرن 19 میلادی و سیطره عثمانی ها بر عراق از جمله کربلای معلی باز می گردد.