زهرا مصطفوی، فرزند امام خمینی با بیان اینکه رفتار شورای نگهبان را تقبیح کنم نوشت: این گونه گزینش‌های سلیقه‌ای سالهاست نظام جمهوری اسلامی را به خطر انداخته و بزرگترین سرمایه آن را که ارتباط ملت و دولت است، تضعیف می‌کند.

در مورد این‌که آیا ایشان به مرگ طبیعی از دنیا رفته و یا به شهادت رسیده‌اند روایات مختلفی وجود دارد، همسر ایشان در مصاحبه‌ای گفت که او را مسموم کرده‌اند.

سید احمد خمینی: «وقتی به داخل منزل رفتم، سه نفر را دیدم من‌جمله آقای دعایی، یک برادر افغانی که در آن‌جا درس می‌خواند و یک آقای دیگر. وقتی به قسمت بالای منزل رفتم دیدم زیر بغل و پاهای برادرم را گرفته‌اند که از پله پایین بیاورند. من دستم را بر پیشانی ایشان گذاشتم و دیدم هنوز گرم است، او را در تاکسی گذاشتیم، ولی انگار کسی در همان لحظه به من گفت که او مرده است.»