نظرخواهی از ارباب‌رجوع‌های گمرک درخصوص مشکلات موجود در این دستگاه اجرایی، بیانگر وجود ۱۹ گره گمرکی در مسیر تجارت خارجی است. اگرچه گمرک به خودی خود نه سیاست‌گذار است و نه تصمیم‌گیر؛ اما بخشی از مشکلات احصا شده به ساختار داخلی این دستگاه برمی‌گردد. همچنین بوروکراسی‌های اداری در ایران این دستگاه را نیز به خود آلوده کرده و بخشی از مشکلات به دلیل ازدیاد بوروکراسی است. با توجه به اینکه حدود ۳۰ نهاد در امر تجارت دخالت دارند و گمرک نیز مسوول اجرای تمام مصوبات مربوط به تجارت خارجی است، از این رو برخی از مشکلات نیز ناشی از تعدد مقررات و مصوباتی است که مسوول اجرای آن گمرکات است. از این رو گزارشی از سوی رئیس کمیسیون تسهیل کسب و کار اتاق بازرگانی تهران ارائه شده است که نشان می‌دهد ۱۹ دست‌انداز در گمرکات وجود دارد و البته راهکارهایی نیز برای حل آن پیشنهاد شده است. در همین راستا، نشستی نیز در اتاق تهران با حضور رئیس کل گمرک ایران و فعالان اقتصادی برگزار شده و برخی از مشکلات نیز در این نشست مورد واکاوی قرار گرفته است.