سازمان محیط زیست تاکنون توضیح دقیقی درباره دلایل موافقت با اجرای طرح انتقال آب خزر نداده است، با این حال برخی منابع می‌گویند موافقت سازمان با دستور مقامات بالاتر بوده است.محمد درویش فعال و کارشناس محیط زیست انتقال آب خزر را با انفجار اتمی مقایسه کرده است.