یکی از پر فراز و نشیب‌ترین سال‌ها برای مناطق آزاد در حوزه اقتصادی و سرمایه‌گذاری سال ۹۸ بود. در این سال مطرح شدن موضوع حذف معافیت‌های مالیاتی در مناطق آزاد از جمله موضوعاتی بود که کمی از انرژی فعالان اقتصادی و مسئولان در این مناطق کاست، این موضوع در واقع یکی از مهم‌ترین امتیازات و مشوق‌های سرمایه‌گذاری در مناطق آزاد به شمار می‌رود که در جریان اصلاح روال معافیت‌های مالیاتی و ممانعت از فرار مالیاتی در کشور به آن پرداخته شد

یکی از نقاط ضعف مدیریت مناطق آزاد تجاری_صنعتی در سال‌های اخیر، مکان‌یابی نامناسب برای ایجاد مناطق جدید و نیز افزایش غیرکارشناسانه وسعت مناطق موجود است؛ مسئله‌ای که در کنار سایر معضلات این مناطق، مانند قاچاق کالا و ارز، عدم ثبات مدیریت، گسترش شرکت‌های صوری و ... نیازمند بازنگری و توجه جدی به برنامه‌های مدیریتی آتی این مناطق است.