مواضع سیاسی آیت الله سیستانی همگام با تحولات عراق تغییر کرد. مثلا وقتی که اواخر ماه اکتبر گزارش‌هایی درباره احتمال مداخله حشدالشعبی برای سرکوب تظاهرات منتشر شد، دفتر آیت الله سیستانی در بیانیه روز یکم نوامبر که در خطبه نماز جمعه کربلا قرائت شد، بر لزوم اجتناب از رویارویی نیرو‌های امنیتی با معترضان تاکید کرد. یک هفته بعد، آیت الله سیستانی تلویحا از حشدالشعبی تقدیر کرد.