برخی کارشناسان معتقدند این سازمان در زمان وزارت محمود حجتی در انجام بسیاری از وظایف خود کم‌کاری و اهمال کرده‌ است؛ به‌طوری‌که برای مثال در سیل اخیر به‌دلیل عدم نظارت این سازمان و ازبین‌رفتن مراتع بالادست و ارتفاعات جنگل‌های شمال، زمین فرصت جذب آب را نداشت و به این ترتیب آب‌ها در پایین‌دست در شهرها جاری شد و خسارت‌های زیادی به‌بار آورد.