در حال حاضر از میان حدود ۱۰۰۰ بیمارستان دولتی کشور، فقط بودجه ۵ بیمارستان در قانون بودجه به صورت شفاف اعلام می‌شود؛حساب‌های ملی سلامت نشان می‌دهد که حدود ۶۵ درصد از بودجه نظام سلامت در بیمارستان‌ها هزینه می‌شود.

دانشگاه‌های علوم پزشکی بیشترین سهم بودجه را برای اجرای پروژه‌های درمانی می‌گیرند؛ این در حالی است که پروژه‌هایی که در این بخش تعریف شده در مدت زمان طولانی و با صرف بودجه بسیار، تعداد اندکی تخت به بیمارستان‌های تحت پوشش اضافه می‌کند.