سازمان محیط زیست بر اساس قانون هوای پاک وظایف متنوعی را برعهده دارد که تهیه آیین‌نامه اجرایی مدیریت شرایط اضطرار ، اعلام رعایت حدود مجاز انتشار آلاینده‌ها، پاسخ به استعلام درخواست جواز، مشخص کردن مراکز و واحدهای آلوده، جلوگیری از فعالیت واحدهای آلاینده و تعیین حقابه رودخانه‌ها از جمله این وظایف هستند.