سازمان محیط زیست بر اساس قانون هوای پاک وظایف متنوعی را برعهده دارد که تهیه آیین‌نامه اجرایی مدیریت شرایط اضطرار، اعلام رعایت حدود مجاز انتشار آلاینده‌ها، پاسخ به استعلام درخواست جواز، مشخص کردن مراکز و واحدهای آلوده، جلوگیری از فعالیت واحدهای آلاینده و تعیین حقابه رودخانه‌ها از جمله این وظایف هستند.