مراکز پژوهشی با اشاره به اینکه معافیت مناطق آزاد تجاری-صنعتی از پرداخت مالیات بر ارزش افزوده، ضمن کاهش منابع عمومی دولت و شهرداری‌ها و دهیاری‌ها، منجر به بروز فساد گسترده و فرار مالیاتی در کشور خواهد شد، با تداوم این معافیت مالیاتی مخالف هستند.