چالش اصلی خلیج گرگان افزایش رسوبات این محیط آبی است که از طریق رودهای منتهی به این خلیج و همچنین دریای خزر وارد آن می‌شود و به اعتقاد محققان حوزه رسوب‌شناسی دریایی راهکار نجات‌بخشی لایروبی این خلیج با توجه به وسعت آن غیرممکن است؛ ولی می‌توان از طریق تله‌های رسوب‌گیری میزان رسوبات واردشده به خلیج گرگان را کاهش داد، ضمن آنکه نرخ رسوب‌گذاری در آن تقریباً ۱۰ برابر نرخ رسوب‌گذاری مناطق ساحلی دریای خزر و حدود ۱۰۰ برابر میانگین نرخ رسوب‌گذاری سایر دریاها و دریاچه‌ها است.