شیوه اتاق بازرگانی برای گرفتن اختیارات قانونی از جمله در موضوع رتبه‌بندی کارت‌های بازرگانی، از طریق فشار و لابی در کمیسیون‌های مجلس مورد اعتراض قرار گرفته است. سوءاستفاده وسیع از کارت‌های بازرگانی در سال‌های اخیر، زمینه‌ساز بروز مفاسد و تخلفات متعدد از جمله قاچاق کالا و ارز، فرار مالیاتی گسترده، انباشت بدهی‌های گمرکی و سوءاستفاده‌های ارزی (با فرار از رفع تعهد ارزی واردات یا عدم بازگشت ارز حاصل از صادرات) شده است.