پرونده‌ی محیط زیستی‌ها که در ابتدا با اتهام جاسوسی طرح شد، میان دو دستگاه اطلاعاتی اصلی کشور چالشی را برسر تعریف جرم جاسوسی ایجاد کرد. وزارت اطلاعات معتقد بود که محیط زیستی‌های بازداشتی جاسوس نیستند ودیگر نهاد امنیتی معتقد بود که جاسوس‌اند.