سال‌هاست که منتقدان نظام آموزش عالی در کشور، از روند فعالیت‌های علمی‌وپژوهشی گلایه دارند و بر این باورند دانشگاه که بستر اصلی تحقیق‌وپژوهش است، از مسیر اصلی و چشم‌انداز خود دور شده است. نبود زیرساخت‌های لازم برای تحقیق و پژوهش، عدم اختصاص بودجه به فعالیت‌های پژوهشی، بی‌میلی دانشجویان به انجام تحقیقات و پژوهش‌های علمی، کپی‌برداری علمی از تجربیات موفق پژوهشی کشورهای توسعه یافته و عمیق نبودن اندیشه‌های علمی در ساختار نظام آموزش عالی، مهم‌ترین چالش‌ها و نقایصی است که موجب شده عملکرد واقعی پژوهشگران دانشگاهی چندان مورد توجه نباشد.