رود اترک این روز‌ها به دلیل بی‌توجهی‌ها و ساخت‌و‌ساز‌های غیرمجاز در حاشیه آن، خشکسالی‌های اخیر، ورود فاضلاب‌های شهری و صنعتی و سموم کشاورزی همانند سایر منابع آبی و طبیعی کشور حال چندان خوشی ندارد.