ضعف قابلیت‌های دولت در تدوین و اجرای سیاست‌ها و به‌هم‌ریختگی دستگاه اداری، منجر به نا‌هماهنگی‌های گسترده شده است. نمود این کمبود‌ها در حوضهٔ زاینده‌رود به شکل نظارت و کنترل محدود بر برداشت‌های آب، به ویژه از چاه‌ها (که نیمی از آن‌ها غیرمجاز هستند)، نبود حاکمیت قانون، سازوکار‌های هماهنگی فراوان ولی بدون ساختار‌های مشخص، عدم مشارکت ذی‌نفعان و نبود راهبرد و برنامه‌ای اثربخش برای رفع این چالش‌ها، بروز یافته است. حاکمیت رویکردی فن‌سالارانه با توسعه‌ٔ انتقال‌های آب بین‌حوضه‌ای و ساخت سدها، نقاط ضعف ظرفیت‌های نهادی بخش آب را پنهان کرده است و انگیزه‌های چرخش به سوی راهبرد‌های پیچیده و زمان‌بر مانند مدیریت جامع‌نگر تقاضای آب را از بین برده است.