امام خمینی در شانزدهم فروردین سال ۶۳ و به دنبال درخواست آیت الله یوسف صانعی و اظهار نظر ایشان درباره پرونده‌های قضایی بنیاد مستضعفان، مهندس میر حسین موسوی را که در مقام نخست وزیری بودند، مامور رسیدگی به این امر کردند.