همچنین در بخش دیگر این گزارش آمده است: بر این اساس لازم است نکات، ابهامات و پاسخ سوالات اساسی از جمله موارد ذیل احصا و با قضاوت عادلانه، در حل مشکلات اساسی فراروی ایمنی حمل‌ونقل ریلی مؤثر شود.

1- با توجه به نقش پیشگیرانه سازمان بازرسی کل کشور در بروز تخلفات و حذف زمینه‌های آسیب‌پذیری ناشی از عدم اجرای مناسب قوانین و مقررات،‌ انتظار می‌رود ضمن ارتقای نظارت خود بر اینگونه موارد حساس عمومی نسبت به ارائه گزارش بررسی‌های خود در اولین فرصت ممکن اقدام کنند.

2- به‌رغم اینکه مدیرعامل شرکت راه‌آهن جمهوری اسلامی به‌عنوان معاون وزیر، مقام سیاسی و مستثنا از انتخاب حرفه‌ای شناخته می‌شود اما بررسی‌ها نشان می‌دهد بسیاری از انتصاب‌های کلیدی و مناصب حرفه‌ای راه‌آهن یا مغایر با قانون و تخلف بوده یا براساس تجربه، تخصص مرتبط و رعایت ارتقای سلسله مراتبی نبوده و این مهم موجب کاهش تعلق سازمانی، تبعیض اداری و کاهش انگیزه و عملکرد شده است. از طرفی مشاغلی مانند متصدیان ترافیک که مجری و کنترل‌کننده نحوه اجرای مقررات بوده و نتیجه عملکرد آنها منجر به تأمین امنیت جانی مسافران می‌شود، به‌عنوان‌ مثال مشاغل حساس مورد توجه قرار نگرفته و از این نظر نیازمند رسیدگی و برخورد با متخلفان است

3- مدیران ستادی و تصمیم‌گیر شرکت راه‌آهن جمهوری اسلامی، مقررات و ضوابط درون‌سازمانی، بویژه در حوزه سیر و حرکت را به‌گونه‌ای تعریف و تدوین کرده‌اند که در صورت بروز سانحه از مسؤولیت مبرا شناخته شوند اما با توجه به اینکه اجرای این مقررات بدون زمینه‌سازی و اصلاحات ساختاری میسر نبوده یا منجر به‌کندی فعالیت‌ها خواهد شد، عوامل عملیاتی و اجرایی پایین‌دست که مسؤول اجرای این مقررات هستند را در شرایط اکراه ناشی از عدم امنیت شغلی و مشکلات معیشتی نگه‌داشته و با اعمال فشارهای غیررسمی و شفاهی در کنار بخشنامه‌هایی که پرداخت به متصدیان ایمنی و کنترل سیر و حرکت قطار را به میزان تأخیرات و عبور و مرور قطارها منوط می‌کند، آنها را به سمت لغو و زیرپا گذاشتن مقررات و به جریان انداختن غیرایمن سیر و حرکت هدایت می‌کند که این موضوع باید با سهیم کردن هرم مدیران و کارکنان در قصور و کوتاهی‌های منجر به سانحه مورد برخورد قانونی قضایی قرار گیرد. نتیجه اینکه عرف حاکم مبنی بر عادی شدن خاموشی سیستم کنترل قطار در کنار ناامنی شغلی کارکنان ذی‌ربط و دستورات غیررسمی مدیران بالادستی، زمینه‌ساز عدم رعایت مقررات ایمنی شده است.

4- برودت هوا به‌عنوان علت توقف قطار تبریز- مشهد اعلام شده است، در حالی ‌که امروز از کار افتادن قطار در چنین دماهایی به‌هیچ‌وجه پذیرفتنی نیست و از آنجا که ضرورت داشته است قطار، قبل از حرکت از نظر به همراه داشتن تجهیزات فنی سالم و کافی برای مقابله با شرایط سرد، کنترل و مجوز حرکت داده شود، لازم است عملکرد مسؤولان کنترل قطار بررسی شود و در تعیین سهم قصور مورد توجه قرار گیرد.

5- بررسی‌ها نشان می‌دهد تلفات جانی ناشی از ضربه اول بسیار کم بوده است اما شرایط تشدیدکننده‌ای مانند نبود جاده دسترسی، امداد و نجات نامطلوب و دیرهنگام، کمبود تجهیزات لازم در واگن‌ها مانند اطفای حریق و چکش شکستن شیشه، بکارگیری مواد غیراستاندارد و قابل اشتعال در بازسازی واگن‌ها، فرسودگی و آسیب‌پذیری واگن‌ها، وجود نقاط کور مخابراتی و رادیویی در مسیر خطوط ریلی بالاخص در محل سانحه و... منجر به افزایش تلفات سانحه شده که باید در شناسایی متخلفان و مقصران و برخورد قانونی و قضایی موردتوجه قرار گیرد.

6- اگرچه عنوان می‌شود سامانه کنترل اتوماتیک قطار (ATC) در این سانحه درست عمل کرده است اما توجه به نکات ذیل نشان می‌دهد غیر از راهبر قطار و اپراتورها و کنترلرها، طیف وسیعی از کارکنان و مدیران در بدنه شرکت راه‌آهن و بخش خصوصی وابسته در این سانحه و خسارات آن سهیم و مقصر هستند:

6-1- محور تهران- مشهد به‌عنوان پرترافیک‌ترین محور ریلی کشور به‌منظور افزایش سرعت و ظرفیت و حذف خطای انسانی به‌عنوان پایلوت اولیه ATC تعیین و اجرایی شده است اما روزانه شاهد تردد تعداد زیادی از قطارهای فاقد ATC شامل قطارهای باری، ترنست‌ها، ریل‌باس‌ها، وسایط نقلیه خطی و... هستیم که این دوگانگی تردد با سامانه و بدون سامانه نه‌تنها منجر به حذف خطای انسانی نشده بلکه موجب سردرگمی و توسعه خطای انسانی نیز شده است به‌طوری‌که سوابقی وجود دارد مبنی بر اینکه خطاهای انسانی سانحه‌آفرین زیادی به علت همین دوگانگی به‌وقوع پیوسته که خوشبختانه منجر به سانحه نشده است.
6-2- رجوع به دفاتر خرابی ATC و خرابی علائم الکتریکی نشان می‌دهد در مدت اجرای پروژه بیش از 2000 بار دستور خاموشی ATC ثبت شده و خاموش کردن این سیستم تبدیل به یک رویه عادی و موجب بی‌اطمینانی کاربران به این سیستم کنترلی شده بود.
 6-3- مقررات سیر و حرکت و دیگر ضوابط حاکم دارای نقاط ضعف، تضاد و دوگانگی و همچنین اختیاراتی جهت خاموش کردن ATC است.

 به‌عنوان‌ مثال اینکه یک اپراتور غیرمسؤول بتواند بدون وجود لایه‌های کنترلی مؤثر، تصمیم به خاموش کردن سیستم کنترل قطار بگیرد و اجرا هم بشود یا اینکه راهبر قطار اختیار قانونی داشته باشد که شخصاً نسبت به خاموش کردن سامانه کنترل قطار اقدام کند، از نمونه ایرادهای مقرراتی است.
6-4- شرکت مهاران به‌عنوان تولید‌کننده داخلی تجهیزات و مجری ATC تحت کنترل هیچ مرجع فنی ذی‌صلاحی قرار نداشته و به نظر می‌رسد شرکت راه‌آهن نیز توان فنی لازم برای نظارت بر این مهم را ندارد؛ لذا ضمن حمایت از فناوری‌های بومی شده، لازم است این مهم در کنار موارد گسترده ثبت‌شده از توقف عملکرد سامانه کنترل قطار موردبررسی جدی‌تر قرار گیرد.

گزارش کمیسیون عمران نشان می‌دهد با وجود اینکه دولتی‌ها قصد داشتند فقط خطای انسانی را علت عمده این حادثه بدانند اما تخلفات عدیده در وزارت راه و سیستم کنترل هوشمند قطار که در دست شرکتی وابسته به اصلاح‌طلبان بوده نقش پررنگی در این فاجعه و مرگ هموطنان ما داشته است. وزیر راه هر قدر هم قرارداد خرید هواپیما ببندد نمی‌تواند از این موضوع فرار کند که مدیریت اشتباه در حوزه حمل‌ونقل جان و مال هموطنان را تهدید کرده که نمونه بارز آن حادثه برخورد 2 قطار در هفت‌خوان بوده است.

نماینده مردم رشت در مجلس شورای اسلامی گفت: استیضاح وزیر راه را به صحن مجلس می‌کشانیم تا همه وزرا بدانند تا دقیقه 90 باید به مردم پاسخگو باشند. غلامعلی جعفرزاده‌ایمن‌آبادی، نماینده مردم رشت در مجلس گفت: 50 نفر از هموطنان‌مان زنده زنده در آتش سوختند اما مجلس نقش خود را درباره این حادثه بخوبی ایفا نکرد. جعفرزاده‌ایمن‌آبادی با تأکید بر اینکه سیستم ATC که در قطارها نصب شده فاقد ابتدایی‌ترین استاندارد بین‌المللی است، گفت: مسؤولان وزارت راه اعلام کردند به‌دلیل تحریم‌ها نتوانستند استانداردسازی مناسبی روی این سیستم داشته باشند، این در حالی است که چندین کار پیمانی در وزارت نفت انجام شده و استانداردهای لازم در آنها لحاظ شده است.

نماینده مردم رشت در مجلس با تذکر اینکه باید روی سیستم‌های ATC سیستم آنبرد نصب شود، گفت: چون اگر این سیستم وجود نداشته باشد عملاً ATCها خاصیتی ندارند. وی با اظهار اینکه 15 هزار و 608 لکوموتیو فعال در حال جابه‌جایی مسافران بین خط مشهد- تهران هستند، گفت: 664 لکوموتیو تنها به سیستم ATC مجهز هستند که نشان می‌دهد 58 درصد قطارهای مسیر تهران - مشهد فاقد این سیستم هستند.

 جعفرزاده‌ایمن‌آبادی ادامه داد: به گزارش وزارت راه‌وشهرسازی در 6ماهه سال 95، 3988 بار سیستم ATC خراب شده است و طبق همان گزارش هفته‌ای 111 خرابی یعنی روزانه 16 خرابی برای این سیستم ثبت شده که نشان می‌دهد در کمتر از 20 ساعت زمان خراب شدن این سیستم بوده است. علی مطهری، نایب‌رئیس مجلس نیز در پاسخ به این سخنان گفت: استیضاح وزیر راه‌وشهرسازی طبق روال در حال پیگیری است. سایر دستگاه‌ها نیز در این موضوع مسؤولند و ضعف مدیریت نیز در وزارت راه مشهود است.