آسیاب آبی اشکذر در عمق هفت متری زمین قرار دارد و به شماره 2086 در فهرست آثار ملی ایران به ثبت رسیده است. این بنا که متعلق به قرن هشتم هجری قمری و از شاهکارهای هنر معماری سنتی و مهندسی ایرانیان می باشد محل آسیاب نمودن گندم و تأمین کننده آرد منطقه اشکذر بوده است و در زمان رونق آن، ساعتی 35 من گندم را به آرد تبدیل می کرده است.
این آسیاب با احداث رشته قناتی به نام همت آباد در این منطقه احداث شده و با خشک شدن این قنات در دهه های اخیر، آسیاب نیز از کار افتاده است. صحن اصلی آسیاب به شکل هشت ضلعی است که چهار ضلعش هر کدام 4/80 و چهار ضلع دیگرش هر کدام 2/75 متر است. هریک از اضلاع کوچک، غرفه ای به عمق یک متر دارد. در دو ضلع شرقی و غربی دو اطاق با جلو خانی تعبیه شده است.غرفه جنوبی صحن، محل دستگاه آسیاب یعنی دول و آخوره است. این آسیاب که یکی از 10 آسیاب ثبتی استان یزد به حساب می آید حدود 70 سال پیش به علت همجواری با ماسه های روان در زیر شن مدفون شده بود و پس از5 سال به همت ریش سفیدان محل و سازمان میراث فرهنگی از زیر خاک بیرون کشیده شد و امور مرمت و بازسازی آن آغاز شده و امید است در آینده نزدیک دوباره راه اندازی شود.
ورودی آسیاب دالانی شیب دار به طول 56 متر است که به قسمت اصلی آسیاب که هشت ضلعی است می رسد. سقف این هشت ضلعی به شکل گنبدی بنا شده است. سقف و مقرنس کاری های بنا با نقوش هندسی از ابتکارهای معماری کهن ایرانی است. آجر تنها مصالح ساختمانی این بنای دیدنی است.
جالبترین نكته در مورد این بنا، اختلاف دمای داخل آسیاب با فضای داغ و گرم بیرون آن است.