خسارت سیل به بنا‌های تاریخی هنوز به طور دقیق مشخص نشده است. در برخی استان‌ها وضعیت وخیم و در برخی دیگر که قبلاً اقدامات حفاظتی در بنا‌های تاریخی انجام شده، بحران تا حدی کنترل شده است. برای تعیین وضعیت و خسارت، وزارت میراث فرهنگی، گردشگری و صنایع دستی مأموران ویژه‌ای را به سه استان هرمزگان، یزد و سیستان و بلوچستان که بنا‌های تاریخی آن‌ها به نظر آسیب بیشتری دیده، اعزام کرده و بررسی برآورد خسارت سیل کماکان ادامه دارد.

براساس گزارش طاهره قیومی نماینده ویژه وزیر میراث‌فرهنگی، گردشگری و صنایع‌دستی فقط به بافت و بنا‌های تاریخی شهر یزد بیش از ۱۳۲۵ میلیارد تومان خسارت وارد شده است.

وی هچنین با انتشار توئیتی در فضای مجازی نوشت: "سیل خساراتی به استان یزد وارد کرده، اما کمترین آسیب به بافت جهانی بوده و بیشترین تخریب‌ها مربوط به بافت جدیدتر یا فرسوده است، برای جبران خسارت تلاش می‌کنیم، گروه‌های کارشناسی فعال هستند تا به سرعت برای بازسازی و مرمت اقدام کنند. حال یزد خوب می‌شود و گردشگری دوباره رونق می‌گیرد".

در ادامه پایگاه میراث جهانی شهر یزد نیز اعلام کرده حدود ۲۰۰ خانه در بافت تاریخی یزد تخریب شده است.

بنا بر اعلام علیرضا جلال‌زایی مدیرکل میراث فرهنگی، گردشگری و صنایع دستی استان سیستان و بلوچستان باران‌های مونسون تا کنون ۳۲ میلیارد و ۵۰۰ میلیون ریال به بنا‌های تاریخی این استان خسارت وارد کرده است.

این مقام مسئول درباره بنا‌های تاریخی که از سیل تابستانی اخیر آسیب‌دیده‌اند، گفت: براساس آخرین پایش‌ها بیشتر بنا‌های تاریخی شهرستان «راسک»، از جمله قلعه پیشین، قلعه فیروزآباد، قلعه برنجی، قلعه بریسک، قلعه هشدار و مسجد پسامگ دچار آسیب شده است. همچنین بارندگی اخیر به موزه چابهار، قلعه سرباز، قلعه سیب در شهرستان سیب و سوران و ساختمان قدیمی بهداشتِ محیط ایرانشهر خسارت وارد کرده و بخشی از سقف موزه سراوان و نیز بخشی از سقف اتاق ساختمان بهداشتِ محیط این شهرستان تخریب شده است. ناودانی‌های مقابر «شیشه‌ریز جالق» دچار آسیب شده و همچنین به مقبره «سورو» در شهرستان گلشن نیز خسارت وارد شده است.