اینها مشکل داخلی شما هستند و به دانشجو، هیچ مربوط نیست. کاری نکنید که فکر دانشجو مشغول باشد. خودتان ضرر می کنید. چون کیفیت تحصیل بشدت افت می کند

مجتبی صدیقی (زاده ۱۳۳۸، پیشوا) معاون دانشجویی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری ایران و رئیس سازمان امور دانشجویان و عضو هیئت علمی دانشکده مهندسی مکانیک دانشگاه صنعتی امیرکبیر است. وی دارای مدرک دکتری مهندسی مکانیک از دانشگاه یومیست انگلستان است.
در پی موضوع استیضاح رضا فرجی دانا –وزیر علوم سابق- یکی از مهمترین دلایل استیضاح کنندگان عدم تایید صلاحیت عمومی چهار نفر از مدیران وزیر علوم توسط وزارت اطلاعات معرفی شد که در وزارت علوم پست های مدیریتی اخذ کرده بودند چنانکه از ایشان بعنوان منتسبین به فتنه 88 یاد شده است مجتبی صدیقی یکی از این افراد بوده است که در پاسخ به نامه 13 آبان 1392 وزارت اطلاعات به دکتر فریدون عدم تایید صلاحیت وی رسانه ای شد.اگر چه وی و برخی از نمایندگان مدعی بودند که استیضاح علیه وزیر علوم به این دلیل بود که در اسامی دانشجویان بورسیه، نام برخی نمایندگان وجود دارد ولی این ادعا همواره توسط بسیاری از نمایندگان مجلس رد شده است.
مجتبی صدیقی در دیماه 1392 در اولین نشست خبری خود ادعای وجود دانشجوی غیرقانونی در میان دانشجویان بورسیه را مطرح کرد او در خرداد 1393 مدعی شد که در دولت دهم، 3002 نفر از دانشجویان بدون آزمون به بورس داخل و خارج اعزام شده اند ، وی پس از قریب به هشت ماه مسئولیتش به عنوان معاون دانشجویی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری در پاسخ به این سوال که «آیا اسامی متخلفین اعلام می‌شود؟» گفت: نه، قطعا؛ موارد تخلف تنها به اشخاص متخلف اعلام خواهد شد. یکماه بعد هنگامیکه محمدعلی نجفی پس از استیضاح رضا فرجی دانا سرپرست وزارت علوم شد تعداد بورسیه هایی را که پرونده شان دارای ایراد است را 1600 نفر اعلام کرد. صدیقی در یکی از نشست های خود مدعی حضور آقازاده ها و منصوبان در میان دانشجویان بورسیه می شود که با واکنش خبرنامه دانشجویان ایران مواجه شد که با انتشار حکم امضاء نشده فرزند صدیقی -محمد بشیر صدیقی-، وی را یکی از این آقازاده ها خوانده بود اگرچه روزنامه فرهیختگان دریافت بورس تحصیلی و جایابی فرزند مجتبی صدیقی را تکذیب کرده بود ولی خبرگزاری های دیگری مستندات مربوطه را افشاء کردند. همچنین بورسیه فرزند وی در تاریخ ۲۸ مرداد ۱۳۹۳ توسط حسن مسلمی نائینی مدیرکل بورس خارج دولت محمود احمدی نژاد تکذیب شد . در نهایت دانشجویان بورسیه جمهوری اسلامی ایران به دنبال اعتراض به اتهامات وزارت علوم، در 26 مرداد 1394 از رضا فرجی دانا و مجتبی صدیقی به دلیل اظهارات خلاف واقع، تشویش اذهان عمومی، خدشه به حیثیت و اعتبار علمی، اجتماعی و شغلی شان به مراجع قانونی شکایت کردند. از آنجا که دادستانی کل کشور اجازه ورود به این ماجرا را نداشت ارزیابی به شورای انقلاب فرهنگی و کمیسیون اصل نود سپرده شد تا محمد پورمختار، رئیس کمیسیون اصل نود طی نامه ای به وزارت علوم بصورت رسمی اعلام کند که بجز 36 مورد که مشخصات خود را خلاف واقع درج نموده اند سایر بورسیه های اعطاء شده قانونی و طبق روال بورسیه می باشد

کشمکش با علی غزالی و شبهه عامل نشر اسامی دانشجویان بورسیه در پی بالا گرفتن موضوع ادعای وجود دانشجوی غیرقانونی در میان دانشجویان بورسیه، اسامی 749 نفر از دانشجویان بورسیه جمهوری اسلامی ایران توسط علی غزالی در صفحه فیسبوک وی منتشر شد، مجتبی صدیقی تاکید کرد وزارتخانه متبوعش این موضوع را پی‌گیری قضایی می‌کند و مدعی شد علی غزالی بعلت دریافت جواب منفی در خصوص بورسیه خود و برای انتقام‌گیری لیست بورسیه ها را منتشر کرده است . اگر چه علی غزالی در واکنش به صحبت مجتبی صدیقی در صفحه فیسبوک خود نوشت: «جناب آقای صدیقی شما خوب به خاطر دارید که در زمانی که آقای توفیقی سرپرست وزارت علوم بودند و هنوز آقای فرجی دانا برای وزارت معرفی نشده بودند در آن اتاق گوشه‌ای طبقه ۱۳ شهرک غرب چه کسی این اسناد و اسامی را به بنده داد و در این مدت چه کسی برای انتشارش مدام تماس می گرفت و پیغام می داد» او در ادامه می نویسد «اگر قرار است کسی سند بدهد و بعد مصاحبه کند و تهدید کند و خودش جاخالی بدهد که هیچ در صف اول شاخ و شانه کشیدن بربیاید همان بهتر که سند ندهد.» او همچنین در ادامه درباره هزینه تحصیل فرزند صدیقی نوشت «البته با توجه به میزان هزینه ی تحصیل در خارج که رقم یک میلیارد توسط شما بیان شده باید به توانمندی جنابعالی در جهت تهیه ی این هزینه آفرین گفت